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1999年國家做出了要進一步擴大高等教育招生規模的決策。為適應擴招形勢需要，2001年9月14日經吉林省同意，東北師范大學決定舉辦具有民辦二級學院性質的東北師范大學對外經貿學院，實行董事會領導下的院長負責制，董事長為穆樹源，院長為張紹杰。根據“吉林省普通高校與社會力量合作舉辦民辦二級學院設置規則”的精神，學院經費自籌，財務獨立。當年招收了300名本科學生，開始實施全日制本科教育。
從2001年到2003年，連續招收了1100余名學生，頒發東北師大本科畢業證書和學士學位證書。
2003年4月23日，教育部頒發了《關于規范并加強普通高校以新的機制和模式試辦獨立學院管理的若干意見》(教發[2003]8號)，文件確定了“積極支持，規范管理，開拓創新”的指導思想，明確了“民、獨、優”的原則，對民辦二級學院的辦學進行了規范，并將這種學院一律改稱為獨立學院。根據[2003]8號文件精神，東北師范大學于2003年10月10日申請試辦獨立學院。
2003年10月27日，經教育部發展規劃司同意，吉林省教育廳委托吉林省高校設置評議委員會組成評估組，依據教育部[2003]8號文件，對東北師范大學申報的獨立學院一一東北師范大學人文學院進行了考察和評估。
2004年2月16日，教育部正式批準設立東北師范大學人文學院，由東北師范大學與吉林鵲源國際生物工程有限公司聯合辦學，屬于按新的機制和模式創辦的獨立學院。
東北師范大學負責教學的組織和管理，吉林鵲源國際生物工程有限公司負責學院的辦學條件和設施的建設。學院實行董事會領導下的院長負責制，董事長為東北師范大學校長史寧中教授，法人代表和院長為穆樹源教授。
